Tuttavia, nell'ultimo attacco dei Borg ai danni della Federazione, l'equipaggio della
USS Enterprise NCC-1701-E incontrò un essere che definì se stesso "Regina Borg".
Questa rivendicò di essere "l'essenza" dei Borg, dichiarando che solo lei controllava l'infinito numero di Droni Borg all'interno del Collettivo e in più, sembrerebbe essere dotata di individualità, nonchè di emozioni.
L' esatto ruolo della Regina all' interno del collettivo è sconosciuto, ma si ipotizza che sia essa stessa il collettivo, che utilizza come un' estensione del suo corpo.
Le uniche supposizioni possibili provengono da una sua piuttosto enigmatica autodefinizione: "Io sono l' inizio e la fine, l' uno e il molteplice, io sono i Borg."
La Regina considera sè stessa come una singola unità e sembra in grado di provare emozioni come la solitudine, l' amore e il piacere.
Il suo vocabolario e il suo modo di parlare sono incredibilmente più vasti e complessi di quelli degli altri membri del collettivo, arrivando a utilizzare delle metafore e degli eufemismi.
Tuttavia, rispetto a quello che la Regina Borg dichiarò al Capitano Jean Luc Picard, l'attività Borg continua ad essere segnalata e l'eliminazione della Regina Borg sembra non aver avuto nessun impatto sulla struttura del Collettivo.
Non si conoscono né i loro processi decisionali, né le loro centrali di comando.
Rimane sconosciuta l'esatta maniera con la quale viene assegnata la distribuzione dei compiti e dei lavori all'interno del Collettivo.
Quello che si sa è che la struttura di comando Borg sembra essere divisa in tre sotto-aree di comando principali:
Si è notato un alto grado di ridondanza nella loro struttura di comando, che elimina la dipendenza da ogni individuo, così che se anche una percentuale significante del Collettivo venisse danneggiata o distrutta, questo non comprometterebbe la resa generale.
Le unità individuali dei Borg sono potenziate ciberneticamente e sono tecnologicamente differenziate per funzioni specifiche.
Il numero sempre crescente di unità e le loro vaste capacità tecnologiche sono dovute in gran parte dall'assimilazione di altre specie e culture.